neuroConstruct 1.6.0

Лицензии: Бесплатный ‎Размер файла: 50.00 MB
‎Рейтинг пользователей: 3.5/5 - ‎2 ‎Голосов

neuroConstruct разрабатывается в Серебряной лаборатории на кафедре неврологии, физиологии и фармакологии в UCL. neuroConstruct был разработан для упрощения развития сложных сетей биологически реалистичных нейронов, т.е. моделей, включающих дендритные морфологии и реалистичные проводимости клеточных мембран. Он реализован в Java и генерирует файлы скриптов для симуляторов NEURON и GENESIS, при поддержке других платформ моделирования (включая PSICS, MOOSE и PyNN) на поздних стадиях разработки. Он использует новейшие спецификации NeuroML, в том числе MorphML, ChannelML и NetworkML. Разработка этого программного обеспечения стала возможной благодаря финансированию со стороны Wellcome Trust, Совета медицинских исследований и проекта SYNapse ЕС. Некоторые из ключевых особенностей neuroConstruct являются: нейроКонструкция может импортировать морфологические файлы в формате GENESIS, NEURON, Neurolucida, SWC и MorphML для включения в одноклеточные или сетевые модели, или более абстрактные клетки также могут быть построены вручную. Создание сетей нейронов на основе проводимости, расположенных в 3D Сложные шаблоны подключения между группами ячеей могут быть определены для сетей Сценарии моделирования могут быть созданы для симуляторов на основе NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS и PyNN (обратите внимание: не каждый проект может быть создан для каждого симулятора) Биофизически реалистичные клеточные механизмы (синапсы/механизмы каналов) могут быть импортированы из родных файлов скриптов (.mod или No.g) или созданы из шаблонов с использованием ChannelML Автоматическое генерация кода для записи данных моделирования и визуализации/анализа данных в нейроконструкции Записанные запуски моделирования можно просматривать и управлять через интерфейс Simulation Browser Интерфейс скриптов на основе Python может использоваться для управления генерацией и выполнением модели, что позволяет запускать несколько симуляций для оптимизации ячеевой и сетевой модели

история версии

  • Версия 1.6.0 размещено на 2012-08-23

Подробная информация о программе