Программы people.virginia.edu/~arq5x/bedtools.html

BEDTools – это набор утилит для сравнения геномных функций в формате BED. Эти утилиты позволяют быстро решать такие задачи, как: 1. Пересекая два файла BED. 2. Слияние перекрывающихся объектов. 3. Парные перекрытия.