Проект SourceForge OpenRasMol является дополнением к проекту RasMol и OpenrasMol в http://rasmol.org. Следует надеяться, что проект SourceForge OpenRasMol станет удобным координационным центром для активного совместного участия. Особенности RasMol: RasMol - это программа молекулярной графики, предназначенная для визуализации белков, нуклеиновых кислот и малых молекул. Программа направлена на отображение, обучение и генерацию качественных изображений публикации. RasMol работает на широком диапазоне архитектур и операционных систем, включая Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX и VMS систем. Версии UNIX и VMS требуют 8, 24 или 32 битного цвета X Windows (X11R4 или более поздний). X Windows версия RasMol обеспечивает дополнительную поддержку аппаратных наборов коробки и ускоренной общей памяти связи (через XInput и MIT-SHM расширений), если они доступны на текущем сервере X. Программа читается в файле координат молекулы и интерактивно отображает молекулу на экране в различных цветовых схемах и представлениях молекул. В настоящее время доступные представления включают глубинные каркасные каркасы, палочки «Дрейдинга», сферы заполнения пространства (CPK), шариковые и палочные, твердые и прядиные биомолекулярные ленты, атомные метки и точечные поверхности. X Windows версия RasMol обеспечивает дополнительную поддержку аппаратных наборов коробки и ускоренной общей памяти связи (через XInput и MIT-SHM расширений), если они доступны на текущем сервере X. Программа читается в файлах молекулярной координаты и интерактивно отображает молекулу на экране в различных представлениях и цветовых схемах. Поддерживаемые форматы входных файлов включают protein Data Bank (PDB), форматы Алхимия Tripos Associates и Sybyl Mol2, формат файла Molecular Design Limited (MDL) Mol, формат файла суперкомпьютерного центра Миннесоты (MSC) XY' (XMol), формат CHARMm, формат CIF и файлы формата mmCIF. Если информация о подключении не содержится в файле, она рассчитывается автоматически. Загруженная молекула может быть показана в качестве связей каркаса, цилиндра 'Dreiding' палки связей, альфа-углеродный след, пространство заполнения (CPK) сферы, макромолекулярные ленты (либо гладкие затененные твердые ленты или параллельные нити), водород связи и точечные представления поверхности. Атомы также могут быть помечены произвольными текстовыми строками. Альтернативные конформеры и несколько моделей ЯМР могут быть специально окрашены и идентифицированы на этикетках атомов. Различные части молекулы могут быть представлены и окрашены независимо от остальной части молекулы или отображаться в нескольких представлениях одновременно. Отображаемая молекула может быть повернута, переведена, увеличена и z-обрезана (slabbed) интерактивно с помощью мыши, баров прокрутки, командной строки или прикрепленной коробки циферблата. RasMol может прочитать подготовленный список команд из файла «скрипта» (или через межидейную коммуникацию), чтобы быстро восстановить данное изображение или точку зрения. RasMol также может создать скриптовый файл, содержащий команды, необходимые для регенерации текущего изображения. Наконец, визуализированные изображения могут быть написаны в различных форматах, включая raster или вектор PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile или как скрипт ввода MolScript или Kinemage. К механизму помощи RasMol можно получить доступ, набрав "помощь" или "помощь"
история версии
- Версия RasMol_2.7.5 размещено на 2010-12-15
Несколько исправлений и обновлений - Версия RasMol_2.7.5 размещено на 2010-12-15
Подробная информация о программе
- Категории: Образования > Других
- Издателя: www.rasmol.org
- Лицензии: Бесплатный
- Цена: N/A
- Версия: 2.7.5
- Платформы: linux